Carlos Bruneel genoot zijn opleiding aan het Koninklijk Vlaams Conservatorium van Antwerpen bij Jan Van Reeth. Hierna studeerde hij verder in Londen bij Jonathan Snowden en volgde meerdere masterclasses, onder andere bij Aurèle Nocolet en William Bennett.

Sinds 1981 is hij solofluitist bij de Koninkrlijke Muntschouwburg in Brussel. In 1982 won hij het Tenuto-concours. hij speelt mee in meerdere orkesten en ensembles zoals Collegium Instrumentale Brugense en Prima La Musica.

Sinds 1994 is hij docent aan het Koninklijk conservatorium van Brussel.