Waarschijnlijk is hij geboren in een welgestelde familie te Ronse, een stad in Vlaanderen.
Over zijn muzikale opleiding staat niets bekend. Sommige onderzoekers vermoeden een band met Margaretha van Parma, die in de jaren 1530 naar Napels trok om er te trouwen met een lid van de Medici-familie. Cyprinano de Rore kan haar hebben vergezeld, waarbij hij wellicht in Italië ook wat opstak van de musici daar. Het is ook mogelijk dat hij zijn opleiding veeleer in Antwerpen heeft genoten. Er is lang gedacht dat hij in Venetië bij Adriaan Willaert zou hebben gestudeerd en dat hij in de San Marcobasiliek zong, maar er is weinig wat deze bewering kan staven.
In 1542 was hij in Brescia, waar hij waarschijnlijk bleef tot 1546. In die periode begon hij naam te maken als componist.
In 1546-1547 kwam hij als zangmeester in dienst bij hertog Ercole II d'Este in Ferrara. Giaches de Wert was daar een van zijn leerlingen, zo ook Luzzasco Luzzaschi, het belangrijkste lid van wat op een dag de meest avant-gardistische muzikale instellingen van het Italië van de late Renaissance zou worden. In 1558-59 keerde De Rore naar de Nederlanden terug om zijn ouders te bezoeken.
Toen Ercole in 1559 stierf, bood De Rore diens opvolger Alfonso zijn diensten aan, maar de nieuwe hertog weigerde en wees Francesco dalla Viola in de plaats aan.
Van 1560 tot 1563 werkte De Rore voor Margaretha van Parma, landvoogdes der Nederlanden, in Brussel en voor haar echtgenoot hertog Ottavio Farnese in Parma.
Toen Willaert in 1563 stierf, werd Cypriano de Rore diens opvolger als kapelmeester van de San Marco, maar hij bood al in 1564 zijn ontslag aan en ging naar Parma terug, waar hij stierf.