Tom Deneckere behaalde een licentie wiskunde aan de Universiteit Gent en een meesterdiploma in de muziek met onderscheiding aan het Koninklijk Conservatorium van Brussel, waar hij piano studeerde bij Jan Michiels en orkestdirectie bij Lucas Vis. Later studeerde hij nog verder orkestdirectie bij Jac van Steen aan het conservatorium van Den Haag.

Op zijn 23ste werd hij dirigent van het Oost-Vlaams Kamerorkest. In 2001 was hij assistent-dirigent bij de creatie van de hedendaagse opera “The Woman Who Walked Into Doors” van Kris Defoort. In 2003 dirigeerde hij de premiere van “KET”, een opera over Brussel van Koen Dejonghe, met uitvoeringen in België en Nederland.
In 2002 richtte hij “arc-en-ciel” op, een professioneel ensemble van jonge musici. Hun doel is om bruggen te slaan tussen de veelheid aan stijlen en genres. “Arc-en-ciel” trad op voor het Festival van Vlaanderen en voor het festival Musica Sacra in Maastricht en werkte samen met de Schola Cantorum Cantate Domino en met Aquarius. In januari 2009 maakte het ensemble een succesvolle tournee door Vlaanderen met pianist Liebrecht Vanbeckevoort.

Als pianist heeft Tom Deneckere werk van Johannes Brahms, Frédéric Chopin, Eric Satie, George Gershwin en Kurt Schwaen op zijn repertoire. Hij begeleidt regelmatig Lied- en koor-recitals, en hij heeft de pianopartijen gespeeld in enkele grote koor- en orkestwerken, o.a. van Mozart (Concerto in d), Beethoven (Chorphantasie), Britten (Saint Nicolas), en Honegger (Le Roi David). Tom Deneckere zit aan de piano in het kwartet CamerArte en heeft ook vaste duo’s met Kris Janssens en Johan Moeyersoons. Hij werkt ook mee aan theaterproducties zoals Merlijn, dat in 2007 in de Ruhrtriennale speelde.

Als zanger zette Tom Deneckere zijn eerste passen bij het wereldvermaarde knapenkoor Schola Cantorum Cantate Domino o.l.v. Michaël Ghijs. Daarna was hij zeer actief in tal van amateurkoren en (semi-)professionele ensembles in binnen- en buitenland. Momenteel zingt hij in het ensemble Aquarius.

Tom Deneckere engageert zich om muziek te promoten bij schoolgaande jeugd, zowel in België als in het buitenland. Van 2000 tot 2007 was hij ondervoorzitter van Jeugd en Muziek Vlaanderen, en in 2003 werd hij lid van de Board van Jeunesses Musicales International (Jeugd en Muziek Internationaal). Als arrangeur was hij betrokken bij Attakatamoeva, een project om kinderen van de lagere scholen opnieuw te laten zingen.

Van 1998 tot 2006 was Tom Deneckere assistent wiskunde aan de Vrije Universiteit van Brussel. Door de combinatie van zijn wiskundige en muzikale achtergrond was hij ook betrokken bij een onderzoeksproject aan het Conservatorium van Brussel, en was hij co-promotor van twee eindverhandelingen over wiskunde en muziek.