Annelies Van Parys wordt op 5 juni 1975 geboren in Brugge en zet op tienjarige leeftijd haar eerste stappen in de muziekwereld. Aan het conservatorium van Brugge studeert ze piano in de klas van Thérèse T’Sjoen, die haar de liefde en interesse voor nieuwe muziek zal bijbrengen, en kamermuziek bij de euphoniumspeler Wim Belaen. In 1993 vervolgt ze haar artistieke opleiding aan het conservatorium van Gent waar ze zich specialiseert in piano bij Johan Duijck (harp als neveninstrument bij Arielle Valibouse) en compositie bij Jan Rispens, Octaaf Van Geert, Godfried-Willem Raes en vanaf 1998 bij Luc Brewaeys. In 1998 behaalt ze haar meestergraad voor piano en in 1999 die voor compositie. Daarna volgt ze nog een jaar voortgezette opleiding compositie bij Brewaeys. In 2001 behoort Van Parys tot een select gezelschap van tien componisten dat het internationale compositieseminarie van Ictus Ensemble in Brussel mag bijwonen. Haar basklarinetsolo wordt er uitgevoerd door Harry Sparnaay en ze krijgt er les van Thierry Demey en Jonathan Harvey. In hetzelfde jaar 2001 krijgt ze de prijs voor hedendaagse muziek Vlaanderen/Québec voor het werk Phrases V, dat in dat kader op 15 mei 2002 in Montréal uitgevoerd wordt door het ensemble van de Société de Musique Contemporaine de Québec (SMCQ) o.l.v. Walter Boudreau. Sindsdien worden haar werken gecreëerd en uitgevoerd in binnen- en buitenland, door gerenommeerde ensembles als ChampdAction, I SOLISTI, Collegium Instrumentale Brugense, Antwerp Symphony Orchestra, SMCQ Montreal, NYNME New York, Ensemble Recherche Freiburg, en vele andere. Haar muziek werd gedirigeerd door onder meer Otto Tausk, Sian Edwards, James Wood en Arturo Tamayo. Met elke nieuwe compositie zet ze een volgende stap in de richting van haar eigen herkenbare en originele stijl. Enkele belangrijke werken in dat verband zijn Méditation (2005), An Index of Memories (2009), Een Oresteia (2013) en Ah cette fable (2017).

In 2017 componeerde Annelies Van Parys het verplichte werk voor de halve finale van de Koningin Elisabethwedstrijd, Chacun(e) sa chaconne. Het jaar daarna was A War Requiem een grootschalige productie in het kader van de herdenking van het einde van de Eerste Wereldoorlog. Ook in 2018 stelde ze haar kameropera USHER voor, gebaseerd op een onafgewerkte opera van Claude Debussy op tekst van Edgar Allan Poe. Haar activiteiten in het genre van opera en muziektheater zijn nauw verbonden met Muziektheater Transparant, waar ze sinds 2007 componist in residentie is. In die context realiseerde ze verschillende muziektheaterproducties, waaronder haar eerste opera Private View, die de eerste FEDORA – Rolf Liebermann Prize for Opera won in 2014.
Dit is slechts één van de vele onderscheidingen die ze kreeg voor haar muziek. Zo werd ze in 2011 laureaat van de Koninklijke Vlaamse Academie voor Wetenschap en Kunsten, kreeg ze in 2015 de Sabamprijs in de categorie Hedendaags Klassiek, en mocht ze in 2019 de Klara Awards voor compositie én muziekpersoonlijkheid van het jaar in ontvangst nemen. Haar werken worden regelmatig geselecteerd voor de ISCM World Music Days.

Annelies Van Parys is als docente verbonden aan het Koninklijk Conservatorium van Brussel, en is ere-ambassadeur voor het Koninklijk Conservatorium van Gent. Ze zetelt ook vaak in de jury voor internationale compositiewedstrijden.