Ernest van der Eyken deed zijn muziekstudies aan het Koninklijk Muziekconservatorium van zijn geboortestad Antwerpen. Onder zijn leraars telde hij figuren als Jan Broeckx, Emiel-Constant Verrees, Edward Verheyden en Lodewijk de Vocht. In de klas van Napoleon Distelmans behaalde hij in 1931 een eerste prijs altviool.
Zijn loopbaan was veelzijdig: naast zijn compositorische arbeid trad hij op als vertolker en pedagoog. Als altist was hij eerst bedrijvig in verschillende Antwerpse orkest-en kamermuziekverenigingen alsook in de Koninklijke Vlaamse Opera. Daarna nam hij nog privélessen bij August de Boeck en Paul Gilson. Bovendien volgde hij te Salzburg meestercursussen bij Clemens Krauss en Josef Marx.

Van der Eyken dirigeerde het door hem gestichte Filharmonisch Kamerorkest van Antwerpen en het orkest van de Koninklijke Vlaamse Opera.
Van 1963 tot 1976 leidde hij met vaste hand het Jeugd en Muziek Orkest van Antwerpen waarvan hij nu ere-dirigent is. Verschillende malen trad hij op als gastdirigent van de Philharmonie van Antwerpen en van het Orkest van de BRT. De dirigent-componist verwierf verder bekendheid als muziekrealisator in de jaren 60 op de openbare omroep BRT.

Van 1975 tot 1990 was Van der Eyken gedelegeerd bestuurder van Sabam. Ook was hij een tijdlang voorzitter van de Koninklijke Vlaamse Academie van België voor Wetenschappen en Kunsten.

Ernest van der Eyken overleed op 96-jarige leeftijd.