Jan Van Mol studeerde als organist zowel aan het Antwerpse als het Gentse Koninklijke Conservatorium als aan het Lemmensinstituut te Mechelen.
Hij ontving verschillende nationale onderscheidingen en werd in 1973 laureaat van de Internationale Orgelwedstrijd van Avila. Als organist concerteerde hij in Europa en daarbuiten en realiseerde verschillende radio-opnames. Naast organist is hij ook klavecinist en bespeelt hij het harmonium.

Hij publiceerde talrijke artikels over het orgel en publiceerde onbekende orgelmuziek.

Jan Van Mol was leraar aan het Koninklijk Vlaams Muziekconservatorium in Antwerpen en is organist-titularis van de Sint-Pauluskerk van Antwerpen. Daar bespeelt hij het historische orgel, misschien het belangrijkste oude instrument uit de Zuidelijke Nederlanden.
Hij geeft voordrachten in het kader van verschillende verenigingen voor cultuurspreiding: Amarant (Gent), Arcademia (Brugge), Davidsfonds (Leuven).
Als stichter en bezieler van Calcant, Antwerpse Orgelvereniging, nam hij talloze initiatieven (orgelconcerten, -reizen, -wandelingen...) waarmee hij het orgel dichter bij het publiek wil brengen.
Hij werd in 2005 te Parijs opgenomen in de "Société académique Arts - Sciences - Lettres".