Jacobus Vaet werd als koorknaap opgeleid aan de Onze Lieve Vrouwekerk te Kortrijk vanaf 1543. Toen zijn stem brak in 1546 kreeg hij een studiebeurs voor de universiteit van Leuven. In 1550 werkte hij aan de kapel van Keizer Karel V, als tenor, en als gehuwd man. Hij maakte vlug carrière en reeds in 1554 was hij Kapelmeester van de kapel van Aartshertog Maximiliaan, de neef van Keizer Karel. Vaet kan dan niet ouder geweest zijn dan 25.

Vaet componeerde veel tijdens zijn korte leven. Hij stierf op 8 januari 1567 aan een onbekende oorzaak. Zeker tot 1566 was hij in goede gezondheid want hij begeleide aartshertog Maximiliaan naar het slagveld en zijn jongste kindje werd gedoopt op kerstavond 1566. Maximiliaan werd in diezefde periode tot keizer Maximiliaan II benoemd en toen Vaet stierf in 1567 behoorde zijn vrijgekomen ambt tot het meest prestigieuze van Europa. Philippus De Monte werd zijn opvolger.