Marie Kuijken studeerde aan het Koninklijk Muziekconservatorium van Brussel waar zij diploma's behaalde voor klavier, kamermuziek en harmonie. In 1995 sloot zij haar studies af met een hoger diploma kamermuziek en het diploma klavierbegeleiding. Ze studeerde zang bij achtereenvolgens Louis Devos, Margreet Honig (Amsterdam) en vanaf 2000 bij Lena Lootens.

Ze heeft in 2001 meegewerkt aan het Bologna Festival, en sinds kort maakt ze deel uit in Rome van het vocaal ensemble La Voix Humaine.

In de zomer van 2004 vertolkte zij Papagena in Mozarts 'Zauberflöte' op het festival van Beaune. Ze verleent haar medewerking aan koren als het Collegium Vocale en het koor van La Petite Bande.

Marie woont en werkt in Italië.