Jan Sciffer studeerde aan het Koninklijk Conservatorium te Gent, Brussel en Maastricht. Als student won hij talrijke prijzen als de Tenuto wedstrijd en de Pro civitate wedstrijd.
Van 1986 tot 1989 was hij cello solo van het Collegium Instrumentale Brugense, daarna lid van de Beethoven Academy en van het Eugène Usaÿe ensemble. Jan Sciffer doceert aan de Franse afdeling van het Brusselse Conservatorium.
Hij voerde verschillende Vlaamse composities als bv 'Spring Bowing' van Frank Agsteribbe, Sonate op. 71 van Frits Celis en het 'Miserere' van Rudy Tas als eerste uit. Verder is Jan Sciffer actief als solist met verschillende ensembles en orkesten en vormt hij samen met Hans Ryckelynck een duo.

Jan Sciffer bespeelt een cello uit 1848 van Giuseppe Cerutti.