Peter Van Heyghen studeerde blokfluit en zang aan het Koninklijk Conservatorium te Gent. In de loop der jaren ontwikkelde hij zich tot een internationaal erkend specialist op het gebied van de uitvoeringspraktijk van zowel renaissance als barok muziek. Hij concerteert wereldwijd als solist, met zijn kamermuziekensemble More Maiorum, het blokfluitconsort Mezzaluna, als co-artistiek leider van het vocale Renaissance ensemble Cappella Pratensis en als vaste dirigent en artistiek directeur van het Brusselse Barokorkest Les Muffatti. Hij is regelmatig te gast op gerenommeerde Oude Muziekfestivals zoals deze te Brugge, Antwerpen, Utrecht en St. Petersburg.

In 2005 werd hij door de Belgische klassieke radiozender Klara uitgekozen tot festivalster van het Musica Antiqua festival te Brugge. Tussen 2007 en 2009 is hij met zijn ensembles »artist in residence« in het Muziekcentrum Augustinus te Antwerpen. Hij is te horen op CD opnames van onder meer de labels Passacaille, Eufoda, Accent, Opus 111, Klara en Ramée.

Peter Van heyghen is ook actief als onderzoeker, publicist, referent en docent. Als leraar Historische Uitvoeringspraktijk en Blokluit is hij verbonden aan de Oude Muziekafdelingen van de Koninklijke Conservatoria te Brussel en Den Haag. Daarnaast verzorgt hij wereldwijd regelmatig meestercursussen, workshops, lezingen en gastcolleges.

Sinds enkele jaren legt Peter Van Heyghen zich steeds meer toe op het Barokke operarepertoire. Samen met regisseuse en choreografe Sigrid T'Hooft leidt hij sinds 2003 de opera workshop van de Händel-Akademie te Karlsruhe en beiden werden als team uitgenodigd om in 2009 aan het Badisches Staatstheater te Karlsruhe de artistieke leiding waar te nemen van de operaproductie Radamisto van G.F.Händel.