Na de eeuwwisseling brak Gert Aertsen met zijn achtergrond van klassieke schilderkunst om de mogelijkheden van de nieuwe mediatechnologie voor gebruik in installaties en performances te verkennen. Sinds 2001 werkte hij als kunstenaar, organisator, technieker en programmeur, en werkte hij samen met verschillende organisaties. Hij is lid van de Machine Centred Humanz, een multidisciplinair collectief van kunstenaars die verschillende velden van technologie, kunst, robotica en experimentele muziek onderzoeken. Hij is een van de vaste leden van Code31, een open studio voor onderzoek, ontwikkeling en discussie over technieken en methodologieën in mediakunst - een initiatief dat de uitwisseling tussen verschillende artistieke disciplines stimuleert en als ruimte dient die nodig is om te experimenteren met nieuwe technologieën. In 2004 was hij mede-oprichter van OKNO, een organisatie geleid door kunstenaars met basis in Brussel.