Bernard Mouton begon zijn loopbaan op zevenjarige leeftijd met dwarslfluit. Later studeerde hij ook saxofoon (hij speelde mee in verschillende jazzensembles en dansorkesten) en viool. Pas laat ontdekt hij de blokfluit; hij vervolmaakte zich op dit instrument bij Mieke Van Weddingen. In 1991 vatte hij de studie van musicologie aan aan de Université Libre de Bruxelles en vanaf 1992 schreef hij zich in bij bolkfluitist Fréderic de Roos aan het conservatorium van Brussel. Door deze twee bijkomende opleidingen kwam hij in contact met muziek uit steeds vroegere periodes. Sinds enkeleljaren legt hij zich vooral toe op middeleeuwse muziek uit steeds vroeger periodes. Vooral het monodische repertoire van de troubadours en trouvères interesseren hem. Hij volgde lessen en meestercursussen bij musici uit vershillende middeleeuwse ensembles: Alla francesca (Fr), Micrologus (It), Boston Camerata (US). Sinds 19978 dirigeert hij het ensemble Fin' Amor dat zich toelegt op de interpretatie van profane, monodische repertoire van de 12e en 13de eeuw. in 200 creëerde hij samen met zangeres Edith Saint-Medard het ensemble La Roza Enfloreze. Hij is tevens sinds 2001 directeur van het Festival Midis-Minimes en sinds 2002 ook van de Barokke Lente van de Zavel.