Jan Vermeire studeerde orgel bij Robert Deleersnyder aan de muziekacademie van Veurne en later bij Hubert Schoonbroodt aan de Franstalige afdeling van het Koninklijk Muziekconservatorium van Brussel.
Hij volgde daarnaast regelmatig les bij de Hongaars-Weense muziekpedagoge Hedda Szamosi. Hij studeerde koordirectie bij Florian Heyerick aan het Koninklijk Conservatorium van Gent.

Jan Vermeire is van 1994 tot 2011 organist-titularis van de Sint-Walburgakerk te Veurne. Sinds december 2011 is hijorganist-titularis van het pas voltooide Loncke-Laponorgel van de Onze-Lieve-Vrouw ter Duinenkerk in Koksijde.

Hij wordt vaak gevraagd als concertorganist in binnen- en buitenland. In
2006-2007 is hij te gast op verschillende prestigieuze orgelfestivals:
Saint-Rémy de Provence, de abdij van Boscherville (F), de abdij van Saint-Guilhem-le-Désert (F), het beroemde Brucknerorgel van Sankt-Florian (A), het Festival van Vlaanderen Musica Antiqua Brugge, orgelfestival Haringe, inspelingsconcert van het gerestaureerde orgel van Hulste, Laarne, Langdorp, Vlissingen, Aardenburg (NL), Internationale Orgelweek Vlaardingen (NL), Grefrath (DE), Torre de Juan Abad (E), Jihlava, Brno Spring Festival en als jurylid op de International Competition for young organists in Opava (CZ).
Enkele hoogtepunten uit het verleden: orgelrecitals in de festivals van Altenberger Dom (DE), Sankt-Peter Schwarzwald, Tübingen, Baskenland (Tolosa en Azkoitia), Londen, Toscane (festival Chianciano Terme), optredens voor de Tsjechische televisie.

Jan Vermeire is heel nauw betrokken bij verschillende culturele organisaties in de Westhoek. Hij is artistiek adviseur van het Internationaal Orgelfestival van Veurne en de internationale orgelweek te koksijde. Hij is verder zeer actief in Frankrijk als artistiek directeur van het Festival International d'Orgue en Flandre, het orgelfestival van Frans-Vlaanderen.

Hij was de vaqste dirigent van het Beauvarletkoor te koksijde van 1995 tot 2007 en is nu dirigent van de Schola Gregoriana Henricus Beauvarlet.

Hij realiseerde meerdere cd-opnames op Vlaamse orgels
De Nederlandse Radio 4 (NCRV) verzorgde een reeks uitzendingen met Jan Vermeire op historische orgels in West-Vlaanderen.