Het huidige Symfonisch Orkest van de Vlaamse Opera werd gevormd begin 1989 na een serie audities met een internationale jury. Het jonge en dynamische orkest is samengesteld uit 80 muzikanten, uit België en het buitenland.

Het orkest debuteerde na de nieuwe opstart in 1989 in een concert met mezzosopraan Agnes Baltsa onder leiding van de toenmalige muziekdirecteur Rudolf Werthen in het Gentse stadhuis.
Tussen 1993 en 1997 was Stefan Soltezs muziekdirecteur. Sinds het seizoen 1997-1998 leidt hij met veel succes het Aalto-Theater in Essen. Hij werd als muziekdirecteur van het Symfonisch Orkest van de Vlaamse Opera opgevolgd door Marc Minkowski. Onder zijn leiding tekende het orkest voor veel geprezen uitvoeringen van Cendrillon (Massenet) en Idomeneo (Mozart). Daarna werd het orkest gedirigeerd door Massimo Zannetti (2000-2002). Het seizoen 2002-2003 was Ivan Törzs chef-dirigent.
Silvio Varviso was vele jaren vaste gastdirigent aan de Vlaamse Opera. Hij wordt veel geprezen voor zijn originele, transparante en elegante interpretaties.

Huisdirigent sinds 2009 is Yannis Pouspourikas.