Bernard Baert groeide op in een muzikale familie (zijn vader was directeur van de muziekacademie), en zijn eerste opleiding kreeg hij aan de academie in zijn geboortestad. Aan het Koninklijk Conservatorium van Gent, waar hij studeerde bij Louis Pas en Claude Coppens (piano), en Roland Coryn (compositie), behaalde hij eerste prijzen voor notenleer, piano, muziekgeschiedenis, geschreven en praktische harmonie, kamermuziek, contrapunt, fuga en compositie. Bovendien behaalde hij het hoger diploma en pedagogisch getuigschrift voor piano.
Aanvullende zomercursussen voor piano volgden bij Jean-Claude Vanden Eynden, Daniel Blumenthal en Robert Groslot.
Van 1987 tot 1997 was hij docent schriftuur aan het Koninklijk Conservatorium van Gent, en momenteel is hij als leraar piano, samenspel, begeleidingspraktijk en begeleider verbonden aan de Waregemse muziekacademie. Hij ontving reeds meerdere prijzen voor zijn composities, waaronder de SABAM-prijs voor zijn Woodwind Quintet (1994) en de Jef Van Hoof Prijs voor zijn pianotrio (1995).
Na 1995 besluit hij om veel eenvoudiger te schrijven dan voordien, om het directe speelplezier te verhogen. Tussen 2003 en 2007 componeerde Bernard Baert hoofdzakelijk didactische werken voor de muziekacademie.