Musicoloog Yves Knockaert kreeg zijn muziekopleiding aan het Muziekconservatorium te Brugge en studeerde musicologie aan de Universiteit te Gent. Hij is docent muziekgeschiedenis, muziekfilosofie en hedendaagse muziek aan het Lemmensinstituut te Leuven, aan de Muziekkapel Koningin Elisabeth en gastdocent aan het Departement Audiovisuele en Beeldende Kunsten van de Karel de Grote-Hogeschool te Antwerpen. Hij is lid van de artistieke commissie van het Orpheus Instituut sinds de oprichting ervan in 1997.
Hij maakt vanaf 1990 enkele radioreeksen over muziek van de 20ste eeuw, was lid van de redactieraad van het muziektijdschrift "Contra." en publiceert geregeld in verschillende gespecialiseerde tijdschriften.
Hij schreef het boek "Wendingen", over ingrijpende veranderingen in de muziek van de 20ste eeuw, en verschillende "Muziekcahiers" over historische en sociologische onderwerpen. In 1999 verscheen het boek 'Muziek uit de voorbije eeuw' waarin essays van zowel Yves Knockaert als van Boudewijn Buckinx zijn gebundeld., Hij is directeur van het Instituut voor Onderzoek in de Kunsten, Associatie K.U.Leuven en voorzitter van het Onderzoeksplatform Kunsten.
Tot 2019 was hij docent muziekgeschiedenis, muziekfilosofie en hedendaagse muziek aan LUCA School of Arts, Campus Lemmens in Leuven. Van 2006 tot 2011 was hij directeur van het Instituut voor Onderzoek in de Kunsten van de Associatie KU Leuven. Hij was los medewerker bij Radio 3, de voorloper van Klara.