Filip Rathé werd geboren op 21 november 1966 te Oudenaarde. Hij studeerde aan het Koninklijk Muziekconservatorium Gent waar hij piano en koordirectie volgde (bij Johan Duijck), kamermuziek (bij Marchel Lequeux) en muziektheorie (bij Willy Caron). Verder volgde hij directie bij László Heltay en Pierre Cao, en ook behaalde hij het diploma van licentiaat in de kunstwetenschap met oriëntatie musicologie aan de Rijksuniversiteit Gent bij professor Herman Sabbe. Voor compositie en muziekanalyse is Lucien Goethals als zijn docent te vermelden. Sinds 1989 doceert Rathé zelf aan het conservatorium te Gent. Eerst ging hij aan de slag als pianoleraar en later ook als leraar praktische harmonie en harmonie. Tien jaar later is hij ook leraar aan het Koninklijk Vlaams Conservatorium Antwerpen te vermelden. 

Tussen 1992 en 2001 was Filip Rathé leidinggevend aan het koor De Tweede Adem dat zich toespitst op de uitvoering van hedendaagse muziek. In 1993 sticht hij het Spectra Ensemble waarvan hij zich tot op de dag van vandaag artistiek leider kan noemen. Dit achtkoppige collectief spitst zich toe op nieuwe muziek, en brengt vanuit een reeds twintig jaar lange samenwerking een eigen, unieke sound naar voren. Zij stonden reeds in Europa en Zuid-Amerika op verschillende podia, en realiseerde verscheidene CD’s en tal van radio-opnames. Ook werkte het Spectra ensemble in het verleden reeds samen met componisten zoals Stefano Gervasoni, Luca Francesconi, Philippe Hurel en Nicolaus A. Huber. Rathé is tevens betrokken in een onderzoeksproject waarin het werk van deze laatstgenoemde componist centraal staat.

Als gastdirigent werkte Rathé samen met het Symfonieorkest van Vlaanderen, het Vlaams Radio Koor, het Collegium Instrumentale Brugense, het Aquarius Ensemble, het Hermes Ensemble en I Solisti del Vento. Daarnaast realiseerde hij als opnameleider meer dan 150 CD-opnames voor verschillende labels. Als componist schreef hij werken in opdracht van het vocaal ensemble Ex Tempore, het Collegium Instrumentale Brugense, het TRANSIT Festival, November Music, de Verenigde Cultuurfabrieken, het Amsterdams Koor en De Volharding.