Jan De Winne studeerde aan de conservatoria van Gent en Brussel. Hij specialiseerde zich in de historische uitvoeringspraktijk en studeerde traverso bij Barthold Kuijken.Hij behaalde eveneens een master musicologie en kunstgeschiedenis aan de universiteit van Gent. Tijdens zijn studies was hij al heel erg actief als fluitist in verschillende kamermuziekensembles en hij was de medeoprichter van het ensemble il Gardellino in 1988.
In  1990 volgde hij Pieter Andriessen op als producer oude muziek aan de VRT, hij verzorgde zes uur thematische uitzendingen per week en organiseerde verschillende muziekproducties per jaar. Ondertussen bleef hij actief als muzikant en uiteindelijk koos hij voor een freelance carrière als fluitist en werd lid van verschillende internationale muziekensembles (Orchestre des Champs Elysées, Collegium Vocale Gent, Wiener Akademie, il Fondamento, les Agremens). Tussen de producties door verricht hij onderzoek naar historische dwarsfluiten, waarvan hij talrijke kopieën vervaardigd heeft die over heel de wereld worden bespeeld door professionele collega's. Vanaf 2000 begon hij zich te concentreren op de verdere ontwikkeling van zijn eigen ensemble  il Gardellino, het ensemble werd een internationale referentie in het domein van de historische muziek. Als fluitist werkte hij mee aan meer dan 70 opnames, zowel als solist als in de hoedanigheid van kamermusicus,  voor de labels Accent, Harmonia Mundi, Accent, Ricercar, Naxos en Passacaille.  In 2004 werd hij directeur van het label Passacaille, dat hij met een hecht team van medewerkers uitbouwde tot een internationaal gewaardeerd productiehuis.  
Sinds 2000 deelt Jan De Winne zijn passie voor de muziek met de studenten van het  conservatorium van Brussel als leraar kamermuziek en als onderzoeker.  Hij is tevens onderzoeksverantwoordelijke voor de afdeling historische muziek en onderzoekscoördinator. Als onderzoekscoördinator neemt hij in het academiejaar 2022-2023 een sabbatsjaar. 
Jan De Winne is eveneens hoofddocent traverso aan het conservatorium van Parijs (CNSMDP) en voorzitter van de internationale wedstrijd Musica Antiqua van het Ma festival in Brugge.