Jules Van Nuffel kreeg zijn muziekopleiding aan het Groot-Seminarie waar hij orgel-, harmonie-, en contrapuntlessen kreeg van Oscar Depuydt, Alfons Desmet en Edgar Tinel. In 1907 werd hij tot priester gewijd. Van Nuffel was werkzaam in het onderwijs en werd de grote promotor van de katholieke kerkmuziekbeweging in Vlaanderen. In 1918 werd hij aangesteld als directeur van het Lemmensinstituut te Mechelen en hij omringde zich met nieuwe en jonge leraars als Marinus De Jong, Hendrik Durieux, Lodewijk Mortelmans, Staf Nees en Flor Peeters. Het instituut werd het belangrijkste centrum voor de kerkmuziekbeoefening. In 1933 werd hij lector voor muziekgeschiedenis aan de Leuvense Universiteit. Hij legde er de grondslag voor de afdeling musicologie. In 1938 werd hij lid van de Koninklijke Vlaamse Academie voor Wetenschappen, Letteren en Schone Kunsten van België waarvan hij in 1945 algemeen voorzitter en bestuurder van de Klasse der Schone kunsten werd.

Zijn vocale werken werden bijna allemaal gecomponeerd voor het Sint-Romboutskoor van Mechelen, de stad waar Van Nuffel zijn hele leen werkte en woonde.
Als componist was hij autodidact. Een volledige opuslijst van zijn werken werd gepubliceerd door Gilbert Huybens in 'Musica Antiqua', jg. 13, nr. 1, 1996, p. 24-27