Dat het ‘Musikalische Opfer’ in de eerste plaats bedoeld is als een uiting van compositorisch vernuft blijkt duidelijk uit de onvolledige en onduidelijke instrumentatie van het werk. Enkel voor de vierdelige sonate zijn er voldoende aanwijzingen om aan te nemen dat dit onderdeel gespeeld dient te worden door een fluit en vioolsolo met basso continuo. De muziekwetenschappelijke keuze om met dezelfde instrumenten ook de canons en ricercars in te vullen beantwoordt aan een historische logica en wordt zelfs hier en daar in handschriften bevestigd.
Deze opname kwam echter op een alternatieve manier tot stand. Voor Het Collectief vormden de hiaten in de instrumentatie immers een uitdaging om op een creatieve manier met dit werk om te gaan. De relatief vrije en
vaak variabele manier waarop Bach zijn werk doorgaans instrumenteerde moedigde de groep aan om te experimenteren met klankkleuren, recente compositorische technieken, stijlen en sferen. Het resultaat hiervan is
een ‘Musikalisches Opfer’ gezien door de veelkleurige bril van de 21ste eeuwse uitvoerder. Aan de meesterlijke partituur van Bach heeft het Collectief evenwel geen noot veranderd.