Rafaël D'Haene wil met zijn werk een rem zetten op de snelle evolutie van deze eeuw die de kunst volgens hem regelrecht naar een toren van Babel leidt waar niemand elkaar nog begrijpt. Hij sluit zich daarbij niet af voor deze eeuw, maar neemt zijn verantwoordelijkheid op: om een wereld van onverschilligheid en agressie te veranderen is een andere ethiek en esthetiek nodig. Die vindt hij niet in het experiment dat volgens hem enkel een gemakkelijkheidsoplossing is. De adequate tegenoplossing ligt voor D'Haene in het respecteren van de traditie.

Rafaël D'Haene studeerde tussen 1962 en 1967 aan het Koninklijk Muziekconservatorium van Brussel piano (klas van E. del Pueyo), harmonie (J. Louël), contrapunt (V. Legley) en fuga (M. Quinet). Aan de Ecole Normale de Musique de Paris behaalde hij onder supervisie van H. Dutilleux een "licence de Composition" in 1968. Daarna studeerde hij 3 jaar compositie in de klas van Victor Legley aan de Muziekkapel Koningin Elisabeth waar hij in 1971 het diploma "Gegradueerde van de Muziekkapel voor Compositie" behaalde.

Sinds 1970 was Rafaël D'Haene leraar harmonie en vervolgens contrapunt, fuga en compositie aan het Koninklijk Conservatorium van Brussel, waarna hij er directeur werd tot 2008.Hij doceerde sinds 1985 ook muziekanalyse aan de Muziekkapel Koningin Elisabeth en van 1986 tot 2003 compositie.

Als componist vielen Rafaël D'Haene reeds verschillende nationale en internationale onderscheidingen te beurt. Na de compositiewedstrijd van de Provincie West-Vlaanderen (1969) en de prijs Tenuto (1972, met het orkestwerk Capriccio), verwierf hij de eerste prijs op de internationale compositiewedstrijd in Alicante met zijn cantate Klage der Ariadne (1972). In 1977 werd hij te Parijs bekroond met de prijs Lili Boulanger voor zijn volledige oeuvre. In 1980 en 1981 volgden de Eugène Baie-prijs (Antwerpen) en de Koopal-prijs (voor orkestmuziek). Tenslotte werd hem in 1985 de prijs "Gebroeders Darche" voor het volledig werk toegekend door het Patrimonium Koninklijk Conservatorium Brussel en in 1989 de prijs SABAM voor serieuze muziek. In 1999 was Rafaël D'Haene jurylid voor compositie voor de Koningin Elisabeth-wedstrijd.
In 2002 en 2004 won hij La Bourse de Perfectionnement Emile Bernheim van de Muziekkapel Koningin Elisabeth.

Hij ging met pensioen in 2008.